1樓：帳號已登出
一、引物設計有3條基本原則：
1、引物與模板的序列要緊密互補。
2、引物與引物之間避免形成穩定的二聚體或髮夾結構。
3、再次引物不能在模板的非目的位點引發dna聚合反應(即錯配)。
二、pcr引物設計的目的是找到一對合適的核苷酸片段，使其能有效地擴增模板dna序列。如前述，引物的優劣直接關係到pcr的特異性與成功與否。對引物的設計不可能有一種包羅永珍的規則確保pcr的成功，但遵循某些原則，則有助於引物的設計。
2樓：匿名使用者
1、引物的長度一般為15-30 bp，常用的是18-27 bp，但不應大於38，因為過長會導致其延伸溫度大於74℃，不適於taq dna聚合酶進行反應。
2、 引物序列在模板內應當沒有相似性較高，尤其是3』端相似性較高的序列，否則容易導致錯配。引物3』端出現3個以上的連續鹼基，如ggg或ccc，也會使錯誤引發機率增加。
3、引物3』端的末位鹼基對taq酶的dna合成效率有較大的影響。不同的末位鹼基在錯配位置導致不同的擴增效率，末位鹼基為a的錯配效率明顯高於其他3個鹼基，因此應當避免在引物的3』端使用鹼基a。
引物設計的引物設計原則
3樓：諾諾百科
1、引物長度一般為15-30bp，常用的為18-27bp，但不能大於38bp；
2、引物gc含量一般為40%-60%，以45-55%為宜，上下游引物gc含量和tm值要保持接近；
3、引物所對應的模板序列的tm值最好在72℃左右，至少要在55-80℃之間，tm值曲線以選取72度附近為佳，5'到 3』的下降形狀也有利於引物與模板的結合；
4、引物之間：兩個引物之間不應有多於4個的互補或同源鹼基，不然會形成引物二聚體，尤應避免3』端的互補重疊。
4樓：匿名使用者
1、長度：15—30bp，其有效長度[ln=2(g十c)十(a十t)]一般不大於38，否則pcr的最適延伸溫度會超過taq酶的最佳作用溫度(74度)，從而降低產物的特異性。
2、g十c含量：應在40%一60%之間，pcr擴增中的復性溫度一般較tm值低等於引物的tm值減去5—10度。引物長度小於20時，其tm恆等於4×(g十c)十2×(a十t)。
3、鹼基分佈的隨機性：應避免連續出現4個以上的單一鹼基。尤其是不應在其3』端出現超過3個的連續g或c，否則會使引物在g十c富集序列區錯誤引發。
4、引物自身：不能含有自身互補序列，否則會形成髮夾樣二級結構。
5、引物之間：兩個引物之間不應有多於4個的互補或同源鹼基，不然會形成引物二聚體，尤應避免3』端的互補重疊。
6、上下游引物的互補性：一個引物的3『末端序列不允許結合到另一個引物的任何位點上。
末端：如果可能的話，每個引物的3『末端鹼基應為g或c。
8、引物應當超出限制性內切酶識別位點至少3個核苷酸。
如何設計引物?
5樓：鮮活且善良丶桃花
2.在框中貼上入你的原始序列(要比你要擴的目的片段兩端延伸一點)
3.在框的下方有許多可以設定的限制條件，如片段長度，一定包含的片段位置，引物長度，引物退火溫度等，你可以進行設定。
同時引物設計和選擇目的dna序列區域時可遵循下列原則：
1) 引物長度約為16-30bp,太短會降低退火溫度影響引物與模板配對，從而使非特異性增高。太長則比較浪費，且難以合成。
2) 引物中g+c含量通常為40%-60%,可按下式粗略估計引物的解鏈溫度 tm＝4(g+c)+2(a+t).
3) 四種鹼基應隨機分佈，在3'端不存在連續3個g或c,因這樣易導致錯誤引發。
4) 引物3'端最好與目的序列閱讀框架中密碼子第一或第二位核苷酸對應，以減少由於密碼子擺動產生的不配對。
5) 在引物內，尤其在3'端應不存在二級結構。
兩引物之間尤其在3'端不能互補，以防出現引物二聚體，減少產量。兩引物間最好不存在4個連續鹼基的同源性或互補性。
7) 引物5'端對擴增特異性影響不大，可在引物設計時加上限制酶位點、核糖體結合位點、起始密碼子、缺失或插入突變位點以及標記生物素、熒光素、地高辛等。通常應在5'端限制酶位點外再加1-2個保護鹼基。
引物不與模板結合位點以外的序列互補。所擴增產物本身無穩定的二級結構，以免產生非特異性擴增，影響產量。
9) 簡併引物應選用簡併程度低的密碼子，例如選用只有一種密碼子的met,3'端應不存在簡併性。否則可能由於產量低而看不見擴增產物。
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