1樓:
關於microrna的命名規則:
(1)mirna 簡寫成mir,再根據其被克隆的先後順序加上阿拉伯數字,如mir-21;
(2)高度同源的mirna 在數字後加上英文小寫字母(a、b 、c),如mir-199a 和mir-199b;
(3)由不同染色體上的dna序列轉錄加工而成的具有相同成熟體序列的mirna,則在後面加上阿拉伯數字以區分, 如mir-199a-1 和mir-199a-2;
(4)如果一個前體的2 個臂分別加工產生mirna,則根據克隆實驗,在表達水平較低的mirna 後面加「*」,如mir-199a和mir-199a*,或進行如下命名,mir-142-5p(也可命名為mir-142-s,表示從5' 端的臂加工而來)和mir-142-3p(也可命名為mir-142-as,表示從3´端的臂加工而來);
(5)將物種縮寫置於mirna 之前,如hsa-mir-1 9 5 ;
(6)確定命名規則之前發現的mirna,如let-7,則保留原來名字
覺得好記得給分哦,親!
2樓:匿名使用者
說實話 真不清楚 什麼意思
hsa-mir-37 代表人的mir-37
最好具體一點 或給相應的參考文獻
microrna是什麼意思?
3樓:匿名使用者
mirna mimics是針對mirna的成熟體設計併合成的小片段雙鏈mirna
請問什麼是microrna干擾?microrna干擾載體的陰性對照是什麼意思?望解惑啊!!謝謝
4樓:匿名使用者
陰性對照就是確定沒
效果的 一般就是合成一
專段隨機的序屬列
什麼是go富集分析,常說的go功能分析、功能分析、pathway分析是什麼意思?
5樓:
gene ontology可分為分子功能(molecular function),生物過程(biological process)和細胞組成(cellular component)三個部分。蛋白質或者基因可以通過id對應或者序列註釋的方法找到與之對應的go號,而go號可對於到term,即功能類別或者細胞定位。
功能富集分析: 功能富集需要有一個參考資料集,通過該項分析可以找出在統計上顯著富集的go term。該功能或者定位有可能與研究的目前有關。
go功能分類是在某一功能層次上統計蛋白或者基因的數目或組成,往往是在go的第二層次。此外也有研究都挑選一些term,而後統計直接對應到該term的基因或蛋白數。結果一般以柱狀圖或者餅圖表示。
1.go分析
根據挑選出的差異基因,計算這些差異基因同go 分類中某(幾)個特定的分支的超幾何分佈關係,go 分析會對每個有差異基因存在的go 返回一個p-value,小的p 值表示差異基因在該go 中出現了富集。
go 分析對實驗結果有提示的作用,通過差異基因的go 分析,可以找到富集差異基因的go分類條目,尋找不同樣品的差異基因可能和哪些基因功能的改變有關。
2.pathway分析
根據挑選出的差異基因,計算這些差異基因同pathway 的超幾何分佈關係,pathway 分析會對每個有差異基因存在的pathway 返回一個p-value,小的p 值表示差異基因在該pathway 中出現了富集。
pathway 分析對實驗結果有提示的作用,通過差異基因的pathway 分析,可以找到富集差異基因的pathway 條目,尋找不同樣品的差異基因可能和哪些細胞通路的改變有關。與go 分析不同,pathway 分析的結果更顯得間接,這是因為,pathway 是蛋白質之間的相互作用,pathway 的變化可以由參與這條pathway 途徑的蛋白的表達量或者蛋白的活性改變而引起。而通過晶片結果得到的是編碼這些蛋白質的mrna 表達量的變化。
從mrna 到蛋白表達還要經過microrna 調控,翻譯調控,翻譯後修飾(如糖基化,磷酸化),蛋白運輸等一系列的調控過程,mrna 表達量和蛋白表達量之間往往不具有線性關係,因此mrna 的改變不一定意味著蛋白表達量的改變。同時也應注意到,在某些pathway 中,如egf/egfr 通路,細胞可以在維持蛋白量不變的情況下,通過蛋白磷酸化程度的改變(調節蛋白的活性)來調節這條通路。所以晶片資料pathway 分析的結果需要有後期蛋白質功能實驗的支援,如western blot/elisa,ihc(免疫組化),over expression(過表達),rnai(rna 干擾),knockout(基因敲除),trans gene**基因)等。
3.基因網路分析
目的:根據文獻,資料庫和已知的pathway 尋找基因編碼的蛋白之間的相互關係(不超過1000 個基因)。
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